Fernando Varela a semnat cu PAOK Salonic în 2016, după ce a plecat de la FCSB. Fundașul central din insulele Capului Verde s-a impus ca jucător de bază la echipa antrenată de Răzvan Lucescu. Cu toate acestea, africanul a decis că nu își mai prelungească înțelegerea cu PAOK, chiar dacă echipa din Salonic a câștigat primul titlu după o pauză de 34 de ani.
Fernando Varela a înscris un gol și a oferit o pasă decisivă în victoria cu 4-0 în fața celor de la Levadiakos, meci care a asigurat și matematic titlul pentru PAOK Salonic. A fost al treilea titlu din istoria lui PAOK și primul după 34 de ani!
Varela a fost schimbat de Răzvan Lucescu în minutul 79 al partidei contra lui Levadiakos și imediat după ce a părăsit terenul, s-a dus la galerie și și-a luat rămas bun. Asta după ce Varela a refuzat să își prelungească înțelegerea cu PAOK Salonic și va deveni liber de contract din această vară. Pro Sport susține că fundașul african ar avea oferte din China și Arabia Saudită.
Fernando Varela a avut un salariu de 500.000 de euro. Se pare că fotbalistul African i-ar fi cerut patronului Savvidis un salariu de trei ori mai mare, de 1,5 milioane de euro. Oferta venită din partea oficialilor lui PAOK a fost însă de 1 milion de euro iar Fernando a refuzat să își continue înțelegerea cu trupa din Salonic.
Varela a fost transferat de PAOK de la FCSB în 2016, în schimbul a 1,5 milioane de euro. În total a adunat 117 meciuri în tricoul trupei antrenate acum de Răzvan Lucescu.