Studiu. De când circulă, de fapt, SARS-CoV-2. “Nu am fost pregătiţi pentru un asemenea virus!”

Virusul SARS-CoV-2, coronavirusul care provoacă boala COVID-19, a circulat probabil nedetectat timp de cel mult două luni înainte ca primele cazuri de COVID-19 la om să fie raportate în Wuhan, China la sfârșitul lunii decembrie 2019, susțin cercetătorii de la Facultatea de Medicină San Diego din cadrul Universității din California, împreună cu colegii de la Universitatea din Arizona și compania de biotehnologie Illumina.

Folosind instrumente de datare moleculară și simulări epidemiologice, cercetătorii au estimat în studiul publicat în revista Science, că circulația virusului a fost destul de slabă până pe 4 noiembrie 2019 și că virusul a prosperat după ce s-a răspândit în zonele urbane.

De atunci, virusul a mutat de mai multe ori. După variantele care sunt mai transmisibile, apoi cele care limitează eficacitatea vaccinurilor, cele mai recente rapoarte privesc variantele recombinate sau hibride ale coronavirusului.

SARS-CoV-2 circula liber din octombrie 2019

“Studiul nostru a fost conceput pentru a răspunde la întrebarea cât timp ar fi putut circula SARS-CoV-2 în China înainte de a fi descoperit”, a declarat autorul principal dr. Joel O. Wertheim, Profesor asociat la Divizia de Boli Infecțioase și Sănătate publică globală a UC San Diego School of Medicine, citat de Medical Xpress.

Digi24.ro

Ministrul Muncii a anunțat datele exacte la care vor fi virate pensiile pe luna mai

„Pentru a răspunde la această întrebare, am combinat trei linii de date importante: o înțelegere detaliată a modului în care SARS-CoV-2 s-a răspândit în Wuhan înainte de carantină, diversitatea genetică a virusului în China și rapoarte ale primelor cazuri de COVID-19 în China. Prin combinarea acestor linii de date disparate, am reușit să punem o limită superioară la mijlocul lunii octombrie 2019 pentru momentul în care SARS-CoV-2 a început să circule în provincia Hubei.”

Cazurile de COVID-19 au fost raportate pentru prima dată la sfârșitul lunii decembrie 2019 în Wuhan, situată în provincia Hubei din centrul Chinei. Virusul s-a răspândit rapid dincolo de Hubei. Autoritățile chineze au înconjurat regiunea și au implementat măsuri de carantină la nivel național. Până în aprilie 2020, transmiterea locală a virusului era sub control, dar, deja, COVID-19 era pandemic, peste 100 de țări raportând cazuri.

SARS-CoV-2 este un coronavirus zoonotic, despre care se crede că a sărit de la o gazdă necunoscută la oameni. S-au făcut numeroase eforturi pentru a identifica momentul când virusul a început să se răspândească printre oameni, pe baza investigațiilor cazurilor de COVID-19 diagnosticate timpuriu. Primul grup de cazuri – și cele mai vechi genomuri SARS-CoV-2 secvențiate – au fost asociate cu Huanan Seafood Wholesale Market, dar autorii studiului spun că este puțin probabil ca focarul din piață să fi marcat începutul pandemiei, deoarece cele mai vechi cazuri de COVID-19 documentate nu aveau nicio legătură cu piața.

Rapoartele ziarelor regionale sugerează că diagnosticarea COVID-19 în Hubei datează cel puțin din 17 noiembrie 2019, sugerând că virusul circula deja activ atunci când autoritățile chineze au adoptat măsuri de sănătate publică.

Digisport.ro

”60 de milioane de căutări. E un brand în toată lumea”. Clubul din SuperLiga care a dat lovitura

Analiza evolutivă a ceasului molecular, folosită pentru a determina când a apărut primul caz de COVID

În noul studiu, cercetătorii au folosit analize evolutive ale ceasului molecular pentru a încerca să determine momentul în care a apărut primul sau cazul index de infectare cu SARS-CoV-2. „Ceasul molecular” este un termen pentru o tehnică care folosește rata de mutație a genelor pentru a deduce când două sau mai multe forme de viață s-au separat – în acest caz, când a existat strămoșul comun al tuturor variantelor SARS-CoV-2, moment estimat în acest studiu în jurul jumătății lunii noiembrie 2019.

Datarea moleculară a celui mai recent strămoș comun este adesea considerată sinonimă cu cazul index al unei boli emergente. Cu toate acestea, spune dr. Michael Worobey, profesor de ecologie și biologie evolutivă la Universitatea din Arizona, coautor al lucrării: „Cazul index poate fi anterior înaintea strămoșului comun – primul caz real al acestui focar s-ar fi putut produce cu zile, săptămâni sau chiar cu multe luni înainte de strămoșul comun estimat. Determinarea lungimii acelui ‘fitil filogenetic’ a fost în centrul investigației noastre. “

Pe baza acestei lucrări, cercetătorii estimează că numărul mediu de persoane infectate cu SARS-CoV-2 în China a fost mai mic de 1 până la 4 noiembrie 2019. Treisprezece zile mai târziu, erau 4 persoane, respectiv 9 pe 1 decembrie 2019. Primele internări în Wuhan cu o afecțiune identificată ulterior ca fiind COVID-19 au avut loc la mijlocul lunii decembrie.

Autorii studiului au folosit o varietate de instrumente analitice pentru a modela felul în care virusul SARS-CoV-2 s-ar fi putut comporta în timpul focarului inițial și în primele zile ale pandemiei, când era în mare parte o entitate necunoscută și amenințarea pentru sănătatea publică nu fusese conștientizată pe deplin.

Aceste instrumente au inclus simulări epidemice bazate pe biologia cunoscută a virusului, cum ar fi transmisibilitatea acestuia și alți factori. În doar 29,7% dintre aceste simulări, virusul era capabil să creeze epidemii autosusținute. În celelalte 70,3%, virusul a infectat relativ puține persoane înainte de a dispărea. Epidemia medie nereușită s-a încheiat la doar opt zile după cazul index.

“De obicei, oamenii de știință folosesc diversitatea genetică virală pentru a obține momentul când un virus a început să se răspândească”, a spus Wertheim. „Studiul nostru a adăugat un strat crucial pe lângă această abordare, modelând cât timp ar fi putut circula virusul înainte de a da naștere diversității genetice observate.

Abordarea noastră a dat rezultate surprinzătoare. Am văzut că peste două treimi dintre epidemiile pe care am încercat să le simulăm s-au stins. Asta înseamnă că, dacă am putea să ne întoarcem în timp și să repetăm ​​2019 de o sută de ori, în două din trei cazuri, COVID- 19 s-ar fi stins de la sine fără să pornească o pandemie. Această constatare susține ideea că oamenii sunt bombardați constant cu agenți patogeni zoonotici.”

Circulația virusului, destul de scăzută până în decembrie 2019

Wertheim a menționat că, chiar dacă SARS-CoV-2 circula în China în toamna anului 2019, modelul cercetătorilor sugerează că o făcea la niveluri scăzute până cel puțin în decembrie a acelui an.

“Având în vedere acest lucru, este greu să conciliez aceste niveluri scăzute de virus în China cu afirmațiile de infecții în Europa și SUA în același timp”, a spus Wertheim. “Sunt destul de sceptic cu privire la afirmațiile COVID-19 în afara Chinei la acea vreme.”

Tulpina originală a SARS-CoV-2 a devenit epidemică, scriu autorii, deoarece a fost răspândită pe scară largă, ceea ce favorizează persistența și pentru că a prosperat în zonele urbane unde transmisia a fost mai ușoară. În epidemiile simulate care implică comunități rurale mai puțin dense, epidemiile au dispărut 94,5-99,6% din timp.

De atunci, virusul a mutat de mai multe ori, o serie de variante devenind mai transmisibile.

“Supravegherea pandemică nu a fost pregătită pentru un virus precum SARS-CoV-2”, a spus Wertheim. “Eram atenți la următorul SARS sau MERS, ceva care ucide oameni cu o rată ridicată, dar, în retrospectivă, vedem cum un virus extrem de transmisibil, cu o rată modestă de mortalitate, poate, de asemenea, să arunce lumea în haos.”

După variante, au apărut variantele recombinante sau hibride ale SARS-CoV-2

După variantele care sunt mai transmisibile, apoi cele care limitează eficacitatea vaccinurilor, iată versiunile „recombinante” ale SARS-CoV-2. Acești nou-veniți sunt, la fel ca și precedentele, modalități de a crește diversitatea genetică a virusului și, prin urmare, de a obține comportamente diferite mai potrivite mediului lor.

De fapt, sunt himere, formate din două segmente de genom, împrumutate de la două linii diferite de SARS-CoV-2 și lipite.

Ca și în cazul primelor variante, alerta a venit din Marea Britanie. Echipa responsabilă cu secvențierea și analiza virusului, consorțiul COG-UK, a dezvăluit pe site-ul specializat Virological.org, primele unsprezece variante recombinante din istoria acestui virus, împărțite în patru grupuri fiecare cu doi sau trei reprezentanți identici. Sunt descriși și alte patru variante recombinante prezenți într-o singură copie.

Toate au bucăți din varianta identificată la sfârșitul anului 2020 în Anglia, numită „B.1.1.7” sau „501Y.V1”. Restul este alcătuit din două segmente ale versiunii vechi.

La începutul lunii februarie, o primă alertă a fost emisă de Statele Unite, în timpul unei conferințe raportate de revista New Scientist, referitoare la o variantă recombinantă al unei variante „englezești” cu un alt local, dar fără confirmare de atunci.

Cercetătorii englezi exclud erorile în analiza lor. Această apariție nu se întâmplă acum întâmplător. Pentru ca aceasta să aibă loc, trebuie să existe co-infecții, ceea ce înseamnă că o celulă de la același individ este infectată cu două tulpini diferite în același timp.

„Sosirea variantelor recombinante era de așteptat, dar nu va avea imediat un impact asupra traiectoriei epidemiei”, precizează cercetătorii, citați de Le Monde. Raritatea lor susține lipsa unui caracter mai transmisibil, de exemplu. Deocamdată, deoarece o variantă recombinantă poate muta și poate genera o variantă problematică.